1900年2月27日，拜仁慕尼黑正式成立。下图为各位创始人签字的俱乐部成立证书，右图为俱乐部第一任主席弗朗茨·约翰。在同年三月进行的第一场比赛前，俱乐部成员留下了这张珍贵的合影。

拜仁慕尼黑115年的历史，开始于一次意见分歧。1900年前后，慕尼黑最有影响力的体育俱乐部是MTV慕尼黑，这个俱乐部建立时的主要项目是当时群众喜闻乐见的体操，后来逐步发展成为一个综合性的体育俱乐部，包括了足球、曲棍球、田径、冰球、格斗和击剑等众多体育项目。

MTV慕尼黑的规模日趋庞大，但主要项目始终是体操，其他体育部门受到的重视程度比较低。为了有更多的比赛机会，足球部希望加入刚刚成立不久的南德足球协会。1900年2月27日俱乐部召开全体会议，由于当时俱乐部的管理者更重视体操项目，缺少发言权的足球部的要求被否决了。

经历了挫折的球员们在俱乐部大会之后来到了一家酒店，继续研究未来的发展方向。有的人希望能留在MTV俱乐部，另外一部分要求组建新俱乐部。直到晚上21点30分，漫长的会议也没有得出一个结论，于是在弗朗茨·约翰的带领下，奈格勒、施密特、卡尔、瓦姆斯勒、林格勒、福克、弗兰克、弗里德里希、佐菲尔、波拉克等11名球员离开了旅店。他们另寻一家名为“吉塞拉”的餐馆，当晚决定建立一个全新的足球俱乐部，这就是拜仁慕尼黑。

主席的职位由弗朗茨·约翰担任，他是拜仁历史上第一位俱乐部主席。弗朗茨·约翰是柏林人，他曾经在柏林近郊的一个俱乐部踢球，后来在耶拿学习摄影。移居慕尼黑之后加入MTV慕尼黑俱乐部。弗朗茨·约翰没有想到自己开创了德国足球历史的一个重要篇章。他担任主席只有三年时间，后来他回到柏林生活，开了一家照相馆。尽管弗朗茨·约翰与拜仁方面的联系几乎中断，但在1920年还是被选为名誉主席。

虽然任职的时间很短，但在弗朗茨·约翰的领导下，俱乐部在初创阶段发展迅速。刚刚建立时，拜仁选定的俱乐部代表色是蓝白色，会费定在1马克。同年三月，拜仁迎来了历史上的第一个对手慕尼黑1896，他们以5比2赢得了胜利。这给球队带来了一些名气，不断有新的球员加入拜仁，其中也包括三名来自慕尼黑1860的球员。

1902年，拜仁3比0击败慕尼黑1860，拉开了历史悠久的慕尼黑德比的序幕，两家俱乐部的恩怨延续了一百多年，直到今天慕尼黑城两家俱乐部的球迷依然看不惯对方。为了扩展俱乐部规模，1906年，拜仁加入了“慕尼黑体育俱乐部”，有了在MTV的前车之鉴，这一次他们保留了相对独立的地位以及名称。作为融入新俱乐部的一部分，拜仁的着装改成了与俱乐部颜色一致的白衫红裤，这奠定了如今“红色拜仁”的基础，虽然此后拜仁的球衣设计有变化，但基调始终不变。

1902年9月21日，拜仁迎来了历史上第一场慕尼黑德比大战，拜仁3比0完胜慕尼黑1860。图为比赛前拜仁首发球员与教练合影。

建立不久的拜仁在当地小有名气，但更高级别的比赛中他们还是名不见经传的小字辈。在德国足坛威名赫赫的是弗赖堡和法兰克福两支球队。拜仁的发展非常迅速，到了1908年，俱乐部会员已经超过了300人，有8支球队和超过100名青年球员，能够自己培养新生力量。为了适应不断扩张的规模，俱乐部更改了章程，将管理工作和体育工作分开，这样可以让球员们将更多的时间用在训练上，不必分心俱乐部的其他方面，管理运作则变得更专业化。

1910年，拜仁第一次打入南德冠军赛的决赛圈，跻身于德国顶级赛事中。初次征战南德冠军赛的成绩超过预期，拜仁排在卡尔斯鲁厄之后获得了第二名。另一大收获是，前锋加布隆斯基入选国家队，成为拜仁的第一名德国国脚。加布隆斯基是一名田径运动员，由于奔跑速度奇快，在球场上他成了一名优秀的边锋，他代表德国出战过四场比赛。

拜仁在一次世界大战前有过三名国脚，分别是加布隆斯基、中锋福尔斯特和门将霍夫麦斯特。加布隆斯基的传奇之处还在于，踢球的同时他兼顾田径训练。作为德国最优秀的短跑运动员之一，他在1912年入选德国田径队，被征召参加1912年的斯德哥尔摩奥运会男子4x100米接力赛。但比赛的时间与他在慕尼黑技术大学的课程发生冲突，他只好缺席了奥运会比赛。在1922年离开拜仁时，他为球队效力超过500场。

第一次世界大战爆发后，德国的体育事业陷入了停顿，拜仁俱乐部的运作只能勉力维持。直到1919-20赛季，德国南部联赛重新运转起来。1919年10月，拜仁脱离了慕尼黑体育俱乐部，与另一家体操俱乐部合并。

很长一段时间里，拜仁坚持着英格兰人挂帅的传统。战前的三名主帅泰勒、霍尔和格里菲斯都来自英格兰，不过在没有职业化足球的时候，主教练只是一份兼职的工作，只有格里菲斯将担任拜仁主帅作为主业。一次世界大战后，图恩雷成为拜仁的第四任英格兰主帅。

1924年春天，拜仁脱离了原来的俱乐部，再次成为独立的个体。这次分离不是主动选择，而是德国体育的发展状况决定的。在世界大战之前，体操是德国最为流行的运动。到了1891年，德国体操联合会认为运动员不应该为了奖金和奖牌去比赛，应该让锻炼身体成为主要目的。于是个人之间的对抗被俱乐部之间的比赛取代，这逐渐降低了体操的吸引力。与此同时足球运动蓬勃发展，成为兴盛一时的体操运动的强力竞争者，1905年，足球甚至成为德国军官训练的一个部分。

一次世界大战结束之后，整个德国的社会经济发展陷入困境，很多经营难以为继的足球俱乐部与体操俱乐部选择了合并。当时的德国体操协会允许一个俱乐部同时注册为体操和足球两个协会的会员，这诞生了一大批“体操与体育俱乐部”，拜仁在1919年的合并也是基于同样的原因。

存在着竞争关系的两项运动之间，总是有着潜在的冲突。经过了数年的争论之后，1923年11月1日，德国体操联合会决定进行一场“纯净分离”，将体操与其他体育项目剥离开来，一个体育俱乐部只能在体操联合会或者其他协会中选择一个注册。受此影响，1923年到1924年之间，德国很多综合体育俱乐部进行拆分，足球、手球与体操不再在同一个俱乐部的框架之下。于是拜仁在五年的合并之后，又一次开始独立运行，“拜仁慕尼黑”的名字回来了。新任主帅是苏格兰人麦克菲尔逊，他延续着拜仁英国主帅的传统。1926年，拜仁参加南德冠军赛，主要竞争对手是纽伦堡和菲尔特，这两支都是德国最好的球队。与菲尔特的第二回合比赛在绿森林球场进行，并通过广播电台进行了直播，在这场戏剧性的比赛中，拜仁4比3击败对手，第一次成为南德冠军。但是在随后的全国锦标赛中0比2输给东部劲旅莱比锡，止步16强。

1928年，匈牙利主教练维兹带领球队再次获得南德冠军，这一次他们在全国锦标赛上打入半决赛，这是俱乐部历史上一个重要成就。不过在半决赛中，他们2比8惨败汉堡，此时的拜仁与德国的一流球队还有着巨大的差距。

1926年、1928年和1929年先后三次在全国锦标赛折戟沉沙之后，拜仁终于在1932年获得成功。奥地利的科恩接替了他的同胞康拉德担任主帅，这被证明是个正确的决定。昵称“多姆比”的科恩经验丰富，他带领的拜仁在南德冠军赛中表现出色，只是决赛输给了法兰克福。随后拜仁以亚军身份参加全国锦标赛，在淘汰了柏林1893和开姆尼茨警察队之后，他们又在半决赛2比0击败同州的对手纽伦堡，决赛中再次与老对手法兰克福相遇。

数千名球迷赶到比赛地纽伦堡观战，其中有大约400名失业者骑着自行车从慕尼黑赶来。后来俱乐部承担了本队球迷的门票和住宿的费用。在当地30摄氏度的气温之下，55000名观众看到了拜仁报了在南德冠军赛中输给法兰克福的一箭之仇。上半场第35分钟，法兰克福的后卫斯特劳伯禁区内手球犯规，罗尔点球一蹴而就，第75分钟克鲁姆打进了决定性的进球。拜仁捧起了俱乐部历史上第一座全国冠军的奖杯。慕尼黑城为了拜仁的成就而欢庆。

1932年，拜仁慕尼黑一路过关斩将，闯入全国锦标赛决赛。罗尔的点球以及克鲁姆的破门帮助拜仁2比0击败法兰克福。

赛后，疯狂的球迷涌入场内，与队员们一起庆祝俱乐部历史上第一个全国冠军。